Cốt truyện trong bộ anime ecchi Kodomo no Jikan là câu chuyện xoay quanh về nhân vật chính có tên là Daisuke Aoki, anh chàng này mới bước sang tuổi thứ 23 thì cũng là lúc mà anh nhận được công việc giảng dạy đầu tiên với tư cách là giáo viên tiểu học tại trường tiểu học Futatsubashi. Ngay sau khi đến trường để nhận việc thì anh cũng đã được giao phụ trách Lớp 3-1, đây cũng chính là nơi một trong những học sinh của anh, một cô bé chín tuổi tinh nghịch sớm phát triển tên là Rin Kokonoe, nảy sinh tình cảm với anh chàng thầy giáo này, cũng từ đó mà câu chuyện xoay quanh họ cũng bắt đầu được diễn ra.
Khi mà bản thân Aoki nhận thấy những điều bất thường đến từ cô nữ sinh kia thì anh cho rằng điều đó là vô hại nó đơn giản chỉ la tình cảm ảy sinh bất chợt, nhưng anh lại không ngờ rằng điều đó lại trở thành sự thật, khi mà cô vẫn tích cực theo đuổi nỗ lực để được ở bên anh. Aoki bị sốc khi cô có những hành động tình dục với anh, do đó khiến anh tin rằng Rin xuất thân từ một gia đình rắc rối. Aoki phát hiện ra rằng mẹ của Rin đã qua đời và cô ấy đang sống với một người anh họ mà những hồi tưởng của họ dẫn đến những cơn bùng phát bạo lực. Từ đó mà anh bắt đầu quan tâm Rin nhiều hon khi mà biết hoàn cảnh thật sự của cô nàng này.