Nội dung trong phim Triage X là câu chuyện xoay quanh về một học sinh trung học đẹp trai có tên là Arashi Mikami, mặc dù sở hữu vẻ bề ngoài ưa nhìn nhưng anh chàng này lại khá vụng về trong xã hội thuộc Tổ chức Nhãn đen, đó là một nhóm cảnh giác chuyên đối phó với tội phạm mà cảnh sát không thể tiếp cận, vì vậy mà họ luôn phải đối mặt với những tên tội phạm nguy hiểm bậc nhất trong xã hội đầy phức tạp.
Ngoài ra thì còn có sự xuất hiện của một cô gái tự xưng mình là Mikoto Kiba, cô nàng này cũng chính là đối tác của Arashi và là học sinh cuối cấp ở trường trung học. Khi ở trường, cô ấy tỏ ra điềm tĩnh và đúng mực, nhưng cô ấy thực sự nóng tính và hay nói tục, đặc biệt là với Arashi. Cô thuộc gia đình Yakuza Kiba, và anh trai Yuki của cô đã cố gắng thay đổi nó từ bên trong, khiến anh thiệt mạng trong một vụ tai nạn xe máy được sắp đặt, và cô cũng bị thương nặng trong vụ tai nạn nói trên. Cô đã được nhân viên Bệnh viện Mochizuki cứu, điều này khiến cô cuối cùng gia nhập Black Label, trong khi cùng nhau đồng hành thực hiện những nhiệm vụ được giao thì cũng là lúc mà cô bắt đầu nảy sinh tình cảm với Arashi.