Câu chuyện trong phim Nơi Chúng Ta Thuộc Về, Yosuga no Sora: In Solitude, Where We Are Least Alone. xoay quanh về hai anh em sinh đôi Haruka và em gái Sora của mình, vốn dĩ cả hai được sống một cuộc sống hạnh phúc cùng với gia đình của mình thì bỗng nhiên cho đến một ngày nọ họ nhận được tin bố mẹ của mình đã qua đời vì một tai nạn bất ngờ. Cũng kể từ đó mà hai em họ phải sống dựa dẫm vào nhau để sống qua ngày.
Không lâu sau đó thì cả hai anh em đã quyết định chuyển đến sống ở một vùng quê thanh bình trong căn nhà mà ông bà ngoại để lại với hy vọng hàn gắn lại cuộc sống đã tan vỡ. Hai linh hồn cô độc này có nhiều nét tương đồng về vẻ bề ngoài nhưng bên trong họ lại khác biệt nhau, họ không nhận thức được những thách thức đến từ những mâu thuẫn ngoài mong đợi có thể xảy ra trong những ngày sắp tới.